主要功能用途StepOne Plus系列實時熒光定量PCR儀是Applied Biosystems第一款采用觸摸屏操作控制、引入VeriFlex溫度梯度控制模塊的qPCR平臺。可實現在同一次實驗中分別設置6組不同引物退火溫度以確立最佳擴增條件，升溫速度快可支持快速PCR反應（StepOne不適用）。采用4組熒光檢測通道（StepOne為3通道），可實現多重熒光定量分析檢測。主要應用包括：1、基因表達分析動植物和微生物在生理病理、環境及外來脅迫下相關基因表達的變化分析以及SiRNA誘導基因沉默和基因敲除后特定基因表達水平的檢測。2、miRNA表達水平的檢測基于miRNA與特定靶基因mRNA表達水平變化間的關聯，研究miRNA 調控基因表達機制。3、基因分型（SNP genotyping，Genotyping）利用TaqMan探針、飽和DNA染料HRM曲線分析進行基因分型，得出等位基因頻率、基因型占總基因型比率等。可應用于如遺傳病診斷，SNP基因分型，藥物代謝酶DME基因分型，法醫遺傳學鑒定等。4、拷貝數變異(CNV)拷貝數變異(Copy number variation, CNV)是指因基因組發生重排而導致長度1KB以上的基因片段的缺失（減少）、插入、重復（增加）、重排、倒 位、DNA 拷貝數目變化，也稱為拷貝數多態性(copy number polymorphisms, CNPs）。是造成物種個體差異和人類許多疾病（如癌癥、遺傳性疾病、心血管疾病）的一種重要遺傳基礎。熒光實時定量PCR檢測初始樣品的某個DNA 片段的拷貝數進行定量，用已知拷貝數為2的DNA內參校正而實現對目DNA 片段拷貝數的確認。5、高分辨率溶解曲線分析（High resolution melt， HRM）DNA序列長度、GC 含量及堿基互補性差異影響DNA雙鏈結構的熱穩定性。高分辨熔解曲線(high-resolution melt，HRM) 分析是通過實時監測升溫過程中與雙鏈DNA特異性結合的熒光染料釋放的綠色熒光強度的變化，了解PCR 產物中DNA分子的解鏈溫度情況，分析樣品特定基因片段DNA組成變化。實時熒光定量PCR實驗運行程序中引入溶解曲線分析環節后，可借助于專用HRM分析模塊完成HRM分析。HRM用于突變掃描和基因分型，不受突變堿基位點和種類限制，既可對未知突變進行篩查、掃描，又能對已知突變進行分析，還可用于STR分析。6、病原體檢測（Pathogen detection）實時熒光定量PCR儀能可靠用于臨床醫學人體上呼吸道的感染、肺炎、消化道感染、中樞神經系統等疾病，以及畜牧業、農作物病蟲害的病原體的檢測確認、感染嚴重程度的量化評估。7、蛋白熱穩定性分析（Protein thermal shift）利用實時定量PCR儀來分析熱穩定性，進行配體-蛋白結合的高通量篩選，突變或修飾對蛋白熱穩定性的影響使用蛋白結合染料（如Protein Thermal Shift 染料），實時定量PCR系統上運行實時熔解實驗，根據因蛋白熔解導致熒光圖像差異，分析配體與蛋白的結合穩定性。可用于以高通量篩選配體與蛋白的結合， 篩選能與蛋白靶點結合的小分子和片段文庫候選藥物、抗體，鑒定最佳緩沖液條件以改善蛋白的純化和分離等。8、食品安全和GMO(genetically modified organism)檢測實時熒光定量PCR技術用于食品的微生物污染監測、肉食類食品食材來源和組成的檢驗、如轉基因動植物基因的檢測等。9、耐藥基因檢測等
性能特點StepOne Plus實時熒光定量PCR儀具有直觀簡便的操作界面和的實驗設置向導，既可以通過彩色觸摸屏操作，也可與PC聯機采用StepOne Software進行實驗操作和數據分析處理。精確溫控反應模塊及先進光學檢測單元，支持廣泛的研究和檢測應用。1、功能強大、操作簡便的StepOne軟件PCR實驗步驟實驗設計向導，引導用戶執行實驗的各個步驟，包括樣本和反應設置、熱循環和熒光檢測等。高級設置適用于進行更復雜應用(如多重反應)的高級用戶；實時監視擴增增長曲線，即時查看實驗進程；還可通過一臺遠程計算機實時查看擴增實驗進程，并在運行完成時通過電子郵件提醒通知；自動基線和白動閾值功能令數據分析得以簡化；自動單核苷酸多態性基因分型識別功能，具有直觀的圖表輸出和量值分配特性；當查看擴增曲線或單核苷酸多態性基因分型圖譜時，易于識別樣本反應孔；StepOne軟件支持包括標準曲線絕對定量、比較Ct(ΔΔCt)相對定量、等位基因鑒別（SNP Genotyping)、陽性/陰性等多種分析方法；StepOne Software軟件集成高分辨率熔解曲線(High Resolution Melt/HRM)應用模塊。HRM 軟件改進聚類算法，提高了靈敏度和準確性，并能夠對單個板上運行的多個檢測進行單獨分析。還可選擇符合MIQE 標準的實時熒光定量PCR數據標記語言(RDML)格式輸出實驗數據
2、VeriFlex 梯度控溫技術StepOne Plus的96孔反應模塊采用Veriflex梯度溫控技術，具有六個獨立的溫度區，可實現精準的溫度控制和優化。
3、多重實時定量分析功能具有最多可支持4個靶標的多重實時熒光定量檢測功能。
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